Dnia 8 grudnia 1981 roku na mocy dekretu motu proprio Beata Hedvigis ogłoszonego przez papieża Jana Pawła II została utworzona Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie. Natomiast dekret Kongregacji ds. Edukacji Katolickiej z dnia 19 czerwca 2009 przekształcił Papieską Akademię Teologiczną w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie.

Wraz z powstaniem Papieskiej Akademii Teologicznej 41 lat temu swoją działalność rozpoczęła również Biblioteka PAT. Została ona utworzona w oparciu o księgozbiory m.in. Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej, Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego (1397–1954), Wydziału Teologicznego w Krakowie (do 1974) oraz Papieskiego Wydziału Teologicznego (do 1981). Początkowo biblioteka mieściła się w kilku lokalizacja, m.in. budynku Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej przy ul. Podzamcze 8 oraz w pomieszczeniach przy ul. Franciszkańskiej 1 i ul. Sławkowskiej 24.

Papieska Akademia Teologiczna od samego początku swojego powstania borykała się z dużymi problemami lokalowymi. Dotyczyło to pomieszczeń bibliotecznych, ale także dydaktycznych czy administracyjnych. W końcu lat 90. XX w. PAT nabyła tereny mieszczące się w pobliżu III Kampusu Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie-Pychowicach. Lokalizacja nie była przypadkowa, gdyż miała podkreślić wielowiekowe związki tych uczelni. Teren ten został zakupiony z myślą o utworzeniu na nim kampusu uczelni. W 1999 roku został ogłoszony konkurs na stworzenie projektu kampusu, w skład którego wchodziłby także gmach biblioteki. Zwycięzcą konkursu zostało krakowskie biuro projektowe K. Ingarden, J. Ewy – Architekci. Ówczesne władze Akademii zdecydowały, że pierwszym budynkiem, który zostanie wybudowany, będzie gmach Biblioteki Papieskiej Akademii Teologicznej.

Po otrzymaniu wszelkich potrzebnych pozwoleń oraz po zatwierdzeniu projektu, 20 listopada 2000 roku rozpoczęto prace budowlane. W tym dniu, poświęcenia placu pod budowę dokonał Wielki Kanclerz Akademii Jego Eminencja kardynał Franciszek Macharski. W kolejnym roku, 6 października 2001 roku kardynał Franciszek poświecił kamień węgielny, który został wraz z aktem erekcyjnym wmurowany w siedzibę nowej biblioteki.

W połowie 2002 roku budynek został doprowadzony do stanu surowego zamkniętego. Również w tym roku miało miejsce bardzo ważne dla całej społeczności Akademii wydarzenie. Teren budowy Biblioteki odwiedził Ojciec Święty Jan Paweł II. Miało to miejsce 17 sierpnia 2002 roku. Ojciec Święty poświęcił budowaną bibliotekę oraz skierował słowo do zgromadzonych pracowników Papieskiej Akademii Teologicznej oraz przedstawicieli innych środowisk akademickich Krakowa.

[Pełna galeria zdjęć dostępna jest tutaj]

W latach 2005–2007 były prowadzone prace wykończeniowo-instalacyjne, pozostałe prace były kontynuowane w latach 2009–2010. W 2011 roku Stowarzyszenie Architektów Polskich nominowało obiekt biblioteki do Nagrody Roku Stowarzyszenia Architektów Polskich SARP 2010. W roku 2007 oddano do użytku Międzywydziałową Czytelnię Czasopism Biblioteki. A od połowy 2011 roku została oddana w całości do użytkowania przez czytelników.

Nowy budynek Biblioteki Głównej, zbudowany na planie zbliżonym do trójkąta, ma ponad 8,9 tys. m² powierzchni użytkowej rozmieszczonej na czterech kondygnacjach (parter i 3 piętra o coraz mniejszej powierzchni). Został on obliczony na rozmieszczenie księgozbioru o wielkości od 900 tys. do 1 mln woluminów. Budynek biblioteki został wyposażony w następujące instalacje i systemy wewnętrzne:

• instalację wodno-kanalizacyjną, przeciwpożarową (hydrantową, tryskaczową, gazową i system sygnalizacji pożaru);
• oddymiania i klimatyzacji, ogrzewania i wentylacji mechanicznej;
• elektryczną (oświetlenia wewnętrznego i zewnętrznego, oświetlenia awaryjnego, a także zasilania trójfazowego, zerowania, odgromową, uziemienia, system zintegrowanego sterowania budynkiem – BMS)
• system okablowania strukturalnego, sieć komputerową i automatyki, sieć teletechniczną i telekomunikacyjną, system kontroli dostępu, system sygnalizacji włamania i napadu, system telewizji dozorowej, system telewizji satelitarnej; system zabezpieczania zbiorów bibliotecznych w technologii RFID.

W budynku biblioteki znajdują się:

1. Na parterze o powierzchni ok. 2830 m²: hall wejściowy z szatnią, powierzchnią wystawową, portiernią, kawiarenką i sklepikiem; sala konferencyjna na 108 miejsc z antresolą oraz zapleczem; magazyn zamknięty z metalowymi regałami przesuwnymi o napędzie ręcznym; pakownia-sortownia, 2 garaże, magazyn chorych książek i pomieszczenie na komorę próżniową; introligatornia, pomieszczenie skanera bezdotykowego, pokój socjalny i pomieszczenia pomocnicze; archiwum uczelni z czytelnią i magazynem z regałami przesuwnymi; pomieszczenia techniczne – klimatyzatornia, transformatory średniego napięcia, rozdzielnie elektryczne i agregat prądotwórczy.
2. Na I piętrze o powierzchni ok. 2 770 m²: katalogi, wypożyczalnia, informatorium i magazyn otwarty z księgozbiorem w wolnym dostępie – druki zwarte; 10 separatek profesorskich (pokoików do pracy indywidualnej); dyrekcja, administracja, pokój socjalny i pokoje dla bibliotekarzy; sala seminaryjna.
3. Na II piętrze o powierzchni ok. 2 450 m²: czytelnie, zbiory czasopism i kolekcje darów w wolnym dostępie m.in. kolekcja z darów Papieża Jana Pawła II; pokoje dla bibliotekarzy; pracownie i magazyny starych druków i zbiorów specjalnych z czytelnią; pokój socjalny; serwerownia.
4. Na III piętrze o powierzchni ok. 660 m²: czytelnie multimedialna i do pracy zespołowej; oratorium; platforma techniczna.

W centralnej części budynku zlokalizowane są dwie klatki schodowe, trzy windy i sanitariaty. Ogółem w nowej bibliotece na czytelnie i katalogi przeznaczono około 1,25 tys. m², na magazyny zbiorów ok. 3,65 tys. m², na pomieszczenia pracownicze ok. 1,05 tys. m², na pomieszczenia pomocnicze i sanitariaty ok. 610 m², na komunikację ok. 1,25 tys. m² ­­oraz na pomieszczenia techniczne ok. 700 m².

Biblioteka Główna UPJPII gromadzi, opracowuje, przechowuje oraz udostępnia swoje zbiory biblioteczne, które są związane z działalnością naukowo-dydaktyczną Uniwersytetu. Są to materiały z zakresu teologii, filozofii, historii, historii Kościoła, prawa, psychologii, pedagogiki, nauk społecznych, kultury, sztuki, itp. W zasobach biblioteki są źródła związane z dziejami Kościoła, rękopisy, starodruki, jak również publikacje z zakresu literatury naukowej polskiej i zagranicznej. Znajdują się także materiały audiowizualne, kartograficzne, fotograficzne, itp. Zbiory są udostępniane na miejscu, poprzez wypożyczenie czy też przez wykonywanie usług reprograficznych.

Zbiory Biblioteki Głównej liczą obecnie 221 489 jednostek inwentarzowych druków zwartych, 23 805 jednostek inwentarzowych czasopism. Biblioteka posiada także 5 325 jednostek inwentarzowych starych druków. W bibliotecznych zbiorach znajduje się także 5 920 jednostek inwentarzowych multimediów. Biblioteka gromadzi zbiory mikrofilmów i mikrofisz, map, druków ulotnych, płyt, kaset magnetofonowych i magnetowidowych oraz posiada bazy danych i dokumenty multimedialne na płytach CD.

Do dyspozycji czytelników są 4 czytelnie, 3 wypożyczalnie, separatki profesorskie. Rocznie z biblioteki korzysta ok. 10 tys. czytelników.

Biblioteka Główna Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie aktywnie uczestniczy m.in. w Krakowskim Zespole Bibliotek Szkół Wyższych, komputerowym ogólnopolskim katalogu bibliotecznym NUKAT oraz Federacji Bibliotek Kościelnych FIDES.